Dom przy ul. Krupniczej Józef Mehoffer nabył w roku 1932 i nadał mu cechy rodzinnego pałacyku, wyposażając w stylowe meble, dzieła sztuki i rzemiosła artystycznego, i zdobiąc też własnymi pracami. We wnętrzach tych stworzył podobny nastrój i styl, jaki panował w jego poprzednich domach, by wspomnieć zwłaszcza jego dwór w Jankówce pod Krakowem, gdzie w roku 1907 założył jeden z najpiękniejszych ogrodów tamtej epoki. Tak urządzony przez niego dom przy ulicy Krupniczej, z dużym jak na centrum Krakowa ogrodem, stał się swego rodzaju muzeum i pełnym uroku miejscem spotkań towarzysko-artystycznych.
Po śmierci Józefa Mehoffera rodzina zachowała, na miarę możliwości, niezmieniony charakter pomieszczeń. Z czasem, z inicjatywy syna artysty, Zbigniewa Mehoffera zrodziła się idea utworzenia tu muzeum poświęconego temu twórcy.
W styczniu 1996 roku, po niezbędnych pracach remontowych i konserwatorskich, placówkę otwarto dla publiczności jako Dom Józefa Mehoffera, Oddział Muzeum Narodowego w Krakowie. Wnętrza urządzono w nawiązaniu do koncepcji artysty i dawnego ich klimatu, a nawet niektóre z nich wiernie odtworzono, co było możliwe dzięki darom i depozytom rodziny, uzupełnionym eksponatami ze zbiorów własnych Muzeum Narodowego w Krakowie.